Poza wyjątkowymi sytuacjami (USG endorektalne, endowaginalne) badanie jest szybkie, niebolesne i mało kłopotliwe. Po wejściu do gabinetu przekazujemy lekarzowi lub pielęgniarce skierowanie (choć nie zawsze jest ono konieczne). Następnie rozbieramy się, odsłaniając odpowiednią część ciała (brzuch, szyję itp.), kładziemy się na leżance w sposób wskazany przez osobę przeprowadzającą badanie „na wznak” lub na lewym czy prawym boku. Lekarz pokrywa skórę albo głowicę aparatu żelem (może być to jedyny przykry moment, gdyż żel bywa zimny). Potem już tylko wykonujemy polecenia (np. nabieramy i zatrzymujemy na dłuższy czas powietrze). Wyjątkowo możemy odczuwać jakiś ból, gdy zostanie silniej naciśnięte głowicą miejsce, które nas boli. USG może trwać od 5 minut do jednej godziny – w zależności od rodzaju diagnozowanego narządu. Po badaniu wycieramy się z żelu i czekamy na wynik, który otrzymujemy po kilku minutach.

Nawet najprostszy zabieg jest zawsze obarczony pewną dozą ryzyka. W przypadku USG nie jest ono zbyt duże. Energia fal ultradźwiękowych jest niewielka, dlatego możliwość uszkodzenia narządów wewnętrznych jest znikoma. Nie oznacza to jednak, że można i bez specjalnych powodów wykonywać tego typu badanie. Dotyczy to zwłaszcza kobiet w ciąży.